Nowoczesne metody PCR zmieniają diagnostykę H. pylori

Czy nowoczesne metody PCR zmieniają diagnostykę H. pylori?

Badanie prospektywne przeprowadzone w Incheon St. Mary’s Hospital (Korea) w okresie od sierpnia 2023 do kwietnia 2024 roku oceniało skuteczność diagnostyczną dwóch metod ilościowej reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR) w wykrywaniu zakażenia Helicobacter pylori oraz identyfikacji mutacji związanych z opornością na klarytromycynę. Badanie objęło 87 pacjentów poddanych gastroskopii diagnostycznej.

Średni wiek uczestników wynosił 61,2 lat, a grupę badaną stanowiło 50,5% mężczyzn (n=49). Najczęstszym wskazaniem do gastroskopii była dyssekcja podśluzówkowa z powodu zmian nowotworowych żołądka (86,2% przypadków). Od każdego pacjenta pobrano próbki biopsyjne z antrum i trzonu żołądka, które następnie poddano analizie czterema metodami: testem szybkiej ureazy (RUT), posiewem, oraz dwiema metodami PCR – Allplex^TM (Seegene) i Ezplex^® (SML Genetree).

Jak rozpoznać oporność na klarytromycynę przy pomocy PCR?

Główną przyczyną oporności na klarytromycynę u H. pylori jest mutacja punktowa w genie 23S rRNA, która uniemożliwia wiązanie antybiotyku do miejsca docelowego. Najczęściej występującą mutacją jest tranzycja adeniny do guaniny w pozycjach 2142 i 2143, odpowiadająca za 81,5% przypadków oporności na klarytromycynę. Metoda Allplex^TM umożliwia wykrywanie mutacji A2142G, A2143G i A2142C, natomiast Ezplex^® identyfikuje mutacje A2142G i A2143G.

Metoda Allplex^TM wykryła zakażenie H. pylori u 54 pacjentów, natomiast Ezplex^® u 49 osób. Dla porównania, test szybkiej ureazy wykazał obecność bakterii u 48 pacjentów, a metoda hodowlana u 29. Zgodność wyników między metodą Allplex a testem szybkiej ureazy wyrażona współczynnikiem kappa wynosiła 0,670, między Allplex a hodowlą 0,468, natomiast zgodność między obiema metodami PCR (Allplex i Ezplex) osiągnęła wysoką wartość 0,880. Obie metody PCR wykazały wysoką dokładność w diagnostyce zakażenia H. pylori w porównaniu z metodami referencyjnymi.

W przypadku wykrywania oporności na klarytromycynę, sekwencjonowanie genu 23S rRNA (uznawane za złoty standard) zidentyfikowało 14 pacjentów z mutacją A2143G oraz jeden przypadek z obiema mutacjami (A2143G i A2142G). Metoda Allplex wykazała zgodność z sekwencjonowaniem w 74 przypadkach, natomiast Ezplex w 76 przypadkach. Rozbieżności między wynikami PCR a sekwencjonowaniem wystąpiły u 13 pacjentów – Ezplex różnił się od sekwencjonowania w 11 przypadkach, a Allplex w 10. Badanie wykazało, że wszystkie szczepy z genotypową opornością na klarytromycynę wykazywały również oporność fenotypową w hodowli. Ogólny wskaźnik oporności na klarytromycynę wynosił 27,3%, na metronidazol 51,5%, na lewofloksacynę 42,4%, a podwójna oporność (klarytromycyna i metronidazol) występowała u 12,1% izolatów.

Czy dostosowana terapia zwiększa eradykację H. pylori?

Skuteczność terapii dostosowanej do wyników Ezplex (pacjenci bez oporności otrzymywali terapię trójlekową z klarytromycyną, a pacjenci z opornością – terapię poczwórną z bizmutem) była wysoka – ogólny wskaźnik eradykacji wyniósł 90,7%, przy czym w grupie wrażliwej na klarytromycynę osiągnął 91,7%, a w grupie opornej 89,2%. Warto podkreślić, że w czasie trwania badania metoda Allplex nie była jeszcze zatwierdzona do stosowania w Korei, dlatego dostosowanie terapii na podstawie jej wyników byłoby nieetyczne.

Badanie wykazało, że nowoczesne metody PCR (Allplex i Ezplex) oferują wysoką dokładność zarówno w wykrywaniu zakażenia H. pylori, jak i w identyfikacji mutacji związanych z opornością na klarytromycynę. Metody te są szybsze, prostsze i tańsze niż konwencjonalne metody hodowlane, co czyni je wartościowymi narzędziami w codziennej praktyce klinicznej. Raport konsensusu Maastricht VI/Florence zaleca testowanie oporności na klarytromycynę, przy użyciu metod hodowlanych lub molekularnych, przed rozpoczęciem terapii opartej na klarytromycynie. Zaleca również stosowanie terapii poczwórnej zamiast trójskładnikowej zawierającej klarytromycynę, gdy status oporności na klarytromycynę jest nieznany.

Jakie wyzwania stoją przed dalszymi badaniami?

Ograniczeniami badania były relatywnie mała liczba pacjentów, skupienie się wyłącznie na mutacjach A2143G i A2142G (pomijając inne potencjalne mutacje związane z opornością, takie jak A2115G, A2142T, G2141A i T2182C), oraz brak wyjaśnienia przyczyn rozbieżności między wynikami PCR a sekwencjonowaniem. Ponadto, w badaniu nie uwzględniono testu oddechowego z mocznikiem (UBT) jako metody diagnostycznej, co wynikało z braku pokrycia kosztów tego testu przez ubezpieczenie w Korei. Dalsze badania są potrzebne do określenia rozpowszechnienia różnych mutacji oporności w populacji koreańskiej oraz przyczyn obserwowanych rozbieżności między metodami diagnostycznymi.

Podsumowując, metoda Allplex wykazała porównywalną skuteczność diagnostyczną w wykrywaniu zakażenia H. pylori w porównaniu z testem szybkiej ureazy, hodowlą i metodą Ezplex. Obie metody diagnostyczne PCR (Allplex i Ezplex) charakteryzowały się wysoką dokładnością i zgodnością z sekwencjonowaniem genu w wykrywaniu oporności na klarytromycynę. Wysokie wskaźniki eradykacji osiągnięte dzięki terapii dostosowanej do wyników Ezplex potwierdzają kliniczną użyteczność tej metody w wykrywaniu H. pylori i mutacji genowych związanych z opornością na klarytromycynę.

Podsumowanie

W koreańskim badaniu prospektywnym przeprowadzonym w latach 2023-2024 oceniono skuteczność dwóch metod PCR (Allplex i Ezplex) w diagnostyce H. pylori. Badanie objęło 87 pacjentów poddanych gastroskopii. Obie metody PCR wykazały wysoką skuteczność w wykrywaniu zakażenia oraz identyfikacji mutacji odpowiedzialnych za oporność na klarytromycynę. Metoda Allplex wykryła zakażenie u 54 pacjentów, a Ezplex u 49, podczas gdy test szybkiej ureazy wykazał obecność bakterii u 48 osób. Zgodność między metodami PCR była wysoka (współczynnik kappa 0,880). W zakresie wykrywania oporności na klarytromycynę, obie metody wykazały dobrą zgodność z sekwencjonowaniem genu 23S rRNA. Terapia dostosowana do wyników Ezplex pozwoliła osiągnąć wysoki wskaźnik eradykacji (90,7%). Badanie potwierdza, że nowoczesne metody PCR są skutecznym narzędziem w diagnostyce H. pylori i planowaniu terapii.